EI 31 de mayo de 1852 fue firmado el acuerdo de San Nicolás, con la presencia de los gobernadores de las provincias. Por este acuerdo se establecía la vigencia del Pacto Federal de 1831, se otorgaban a Urquiza las funciones de director provisional de la Confederación Argentina y se disponía la reunión de un congreso constituyente en Santa Fe al que cada provincia enviaría dos diputados.

En Buenos Aires rechazaron el acuerdo y los emigrados vueltos al país comenzaron a agitar el ambiente político porteño contra el vencedor de su antiguo ogro. En junio de 1852 la Sala de Representantes de Buenos Aires desconoció el citado acuerdo y el gobernador Vicente López (h), impuesto por Urquiza, renunció a su cargo. Luego de la deportación de algunos porteños notorios, como Bartolomé Mitre y Vélez Sarsfield, Urquiza se embarcó para Santa Fe el 8 de septiembre de 1852  para presenciar la inauguración del Congreso Constituyente.

El 1º de septiembre estalló una revolución en Buenos Aires, que tuvo como finalidad primordial devolver a sus organizadores el control de la política nacional. Desde ese día, Buenos Aires estuvo separada de la Confederación Argentina, obrando en todo sentido como un estado independiente llevándose como símbolos propios el escudo y la bandera nacionales. En abril de 1854 se aprobó la Constitución del Estado de Buenos Aires, redactada por Vélez Sarsfield y Carlos Tejedor. Un mes después Pastor Obligado fue designado primer gobernador constitucional porteño.
 

El país ya tiene Constitución

La Asamblea Constituyente en Santa Fe

Mientras tanto en Santa Fe todas las provincias representadas, exceptuando, claro está, Buenos Aires, inauguraron el 20 de noviembre de 1852 el Congreso Nacional Constituyente, presidido por Facundo Zuviría. La Constitución fue aprobada solemnemente el 1º de mayo de 1853 dejando atrás larguísimos años de odios y desencuentros causados por la inexistencia de una organización nacional. En la misma se establecía la forma de gobierno "representativa, republicana y federal", así como una declaración de derechos y garantías. La Constitución aseguraba las autonomías provinciales y, sobre todo, garantizaba la libre navegación por los ríos y la distribución de las rentas nacionales. Las musas inspiradoras de la Constitución Nacional fueron la Constitución Nacional de los Estados Unidos de América, la Constitución del Chile del año 1833, partes de las constituciones fallidas de 1819 y 1826 y el libro "Bases y Puntos de partida para la organización de la Nación Argentina" del tucumano Juan Bautista Alberdi, preclara mente jurídica del país.

EI 20 de noviembre de 1853 se celebraron las primeras elecciones constitucionales para designar las autoridades de acuerdo con la flamante Constitución. Resultaron elegidos Justo José de Urquiza y Salvador María del Carril, que asumieron en marzo de 1854 los cargos de presidente y vicepresidente, respectivamente. Urquiza eligió como sede de gobierno la ciudad de Paraná . Allí se instaló también el Congreso Nacional. Pronto la lucha entre la Confederación Argentina y el Estado de Buenos Aires adquirió caracteres de guerra económica.
 

Cepeda y Pavón

Juan Bautista Alberdi cuyo libro "Las Bases" inspiró la Constitución

Los productos extranjeros entraban en las provincias a través de Buenos Aires sin dejarle a la Confederación beneficio fiscal alguno. En julio de 1856 el Congreso de Paraná aprobó la ley de Derechos Diferenciales, en virtud de la cual los productos que entraran en territorio de la Confederación a través del puerto de Buenos Aires pagarían una fuerte suma que no abonarían los descargados directamente en los puertos de ella, especialmente en el de Rosario. Buenos Aires reaccionó vivamente y pronto la guerra económica pasó a dirimirse con las armas.

Un conflicto político en San Juan movilizó a las dos partes ya que Buenos Aires siempre buscó que la política porteña se mimetice en la política argentina. Buenos Aires declaró la guerra a la Confederación. El 23 de octubre de 1859 los dos ejércitos se encontraron en los campos de Cepeda. Urquiza derrotó con suma facilidad a las fuerzas porteñas que mandaba Bartolomé Mitre y entró una vez más en la capital porteña. Pocos días después, el 11 de noviembre, se firmó el pacto de San José de Flores, por el cual Buenos Aires se declaraba parte integrante del bosquejo de nación y aceptaba en principio la Constitución de 1853, primer paso hacia el juramento de la misma, cosa que se realizó el 21 de octubre de 1860. Sólo faltaba ya establecer el gobierno de la nación.

Bartolomé Mitre personaje decisivo en medio siglo de historia argentina

En la Confederación, al terminar Urquiza su mandato fue reemplazado por Santiago Derqui, con Esteban Pedernera como vicepresidente. Por la misma época Mitre era elegido gobernador de Buenos Aires. Pero un nuevo conflicto, otra vez en San Juan, originó el choque armado.

El legislativo de Buenos Aires declaró nulo el Pacto de San José de Flores, y la Confederación intervino en el Estado de Buenos Aires. Mitre y Urquiza, al frente de sus ejércitos, se encontraron nuevamente, ahora en Pavón, el 17 de septiembre de 1861. El combate fue ardoroso, venciendo militarmente en forma clara Urquiza. Pero éste prefirió dejar el campo de batalla sin razones comprensibles mientras sus soldados estaban en la mejor de las luchas y como no habiendo jefe victorioso en persona a quien otorgar la lucha, Mitre tomó ventaja de la anómala ocasión y proclamó su victoria. La retirada de Urquiza es uno de los misterios más grandes de la historia argentina.

Derqui sintió que Urquiza lo había abandonado y renunció con su vicepresidente dejando acéfala la Presidencia de la Confederación. Mitre para evitar el caos, asumió interinamente el gobierno para luego ser confirmado como tercer presidente de la Argentina bajo la Constitución de 1853 con algunas reformas introducidas por los porteños después de Pavón acompañado por Marcos Paz como vice el 12 de octubre de 1862 a través de elecciones.

Mitre prefirió en ese entonces titularse como Presidente de la República Argentina en un país que aún prefería reconocerse como Confederación Argentina. Luego su sucesor, Sarmiento lograría la derogación del título político de la Confederación.