Caricatura de Domingo F. Sarmiento tratando de salir del choque entre las locomotoras personificadas por Urquiza y el mariscal López. En ese dibujo se evidencia el progreso (trenes) y los conflictos (partido federal y la guerra con el Paraguay).

A Mitre le sucedió Domingo Faustino Sarmiento el 12 de octubre de 1868, con Adolfo Alsina como vicepresidente. Durante su gobierno se realizó el primer censo nacional (1869), se extendieron las redes telegráficas y ferroviarias y se mejoró la balanza de pagos. En este período Argentina hubo de soportar una epidemia de fiebre amarilla en Buenos Aires y otra de cólera en el interior de la República, consecuencias de la Guerra del Paraguay. En abril de 1870 se produjo el asesinato de Urquiza en Entre Ríos por partidarios de su enemigo político López Jordán quien nunca le perdonó su sospechosa retirada en Pavón ni su inercia frente al gobierno nacional mientras los mitristas iban a la guerra en el Paraguay y sofocaban a sangre y fuego las rebeliones federales. El crimen conmovió profundamente al país.

Sarmiento fue el primer presidente en residir en la famosa Casa Rosada (él tuvo la idea de mezclar el rojo federal y el blanco unitario a modo de conciliar las todavía actuales diferencias políticas). Desde ese palacio gubernamental hizo lo siguiente: creó la Facultad de Medicina, el Observatorio Astronómico Argentino, el Servicio Meteorológico Nacional, la Academia de Ciencias, los Jardines Zoológico y Botánico, el Colegio Militar, la Escuela Naval Militar y más de ochocientas escuelas primarias. Aprueba el código Civil y la ley de ciudadanía que nacionalizó a innumerables inmigrantes que venían a la Argentina en crecientes números. Durante su presidencia se fundaron los diarios La Prensa y La Nación (éste bajo jefatura de Mitre), importantes periódicos de la actualidad. Bajo su mandato se realizó el primer censo nacional que arrojó 1.737.076 habitantes en 1869.

Nicolás Avellaneda

A Sarmiento le sucedió Nicolás Avellaneda, con Mariano Acosta como vicepresidente, que asumieron el poder el 12 de octubre de 1874. La política económica de los gobiernos anteriores (especialmente las obras de Sarmiento), así como los gastos realizados en la guerra del Paraguay y en las luchas civiles, habían llevado las finanzas del país a un estado ruinoso. Avellaneda resolvió "ahorrar sobre el hambre y la sed de los argentinos". Se fomentaron las industrias básicas y especialmente la agricultura.

Se inició en esta etapa la Conquista del Desierto, comenzada por Adolfo Alsina, el activo ministro de Guerra de Avellaneda, y concluida con éxito por el general Julio A. Roca. La Patagonia era tierra de nadie poblada por indios indómitos y tanto Chile como la Argentina tenían pretensiones sobre ella. Cuando estalló la Guerra del Pacífico entre Chile y la Alianza peruana-boliviana (1878-1884), la Argentina rechazó la invitación de los incaicos a unirse contra los vecinos cordilleranos prefiriendo avanzar con seguridad hacía el sur. Para cuando Chile acabó victoriosamente con su guerra en 1879, los argentinos incorporaron más de 935 .000 kilómetros cuadrados a su territorio soberano que anteriormente era de 142.000 kilómetros cuadrados demostrando así una inteligente política expansionista. Fue el pasaporte a la presidencia para el joven general tucumano Julio A. Roca.

Pero la Conquista del Desierto no fue tan heroica y romántica como se la pintaba en esa época. Debieron enfrentar a indígenas que si bien eran feroces agresores de poblados fronterizos que estaban dentro del territorio reconocido como "civilizado y argentino" no eran ni siquiera partenaire frente al modernísimo armamento y disciplina inalterable del Ejército Argentino. Un número grande difícil de calcular fue fueron exterminado, los sobrevivientes fueron monitoreados y a la gran mayoría ni se molestaron en concederle la nacionalidad argentina excepto algunos caciques que para sobornarlos, les dieron galones de coroneles y uniformes militares argentinos. Pero su situación militar era exactamente un adorno.

Mapa británico (se consideraba a la cartografía británica como la más confiable en esa época) en el cual se evidencia que la Patagonia era un territorio aparte y que Argentina aún limitaba con el Paraguay en el río Bermejo

Hacia esa época y hasta la Conquista del Desierto, la Patagonia era vista y considerada fielmente como un verdadero territorio aparte que no pertenecía a la Argentina ni tampoco al Chile. Lo puede demostrar el Catecismo de Geografía editado originalmente por la Librería Inglesa de Buenos Aires en 1856 y era el texto en base al cual se enseñaba geografía en las escuelas de la entonces Confederación Argentina. El método pedagógico de esa época consistía en formular preguntas en el texto y responderlas, las que eran aprendidas de memoria por los alumnos, buscando con este mecanismo generar una lógica de razonamiento.

Tras recorrer en los primeros cuarenta y nueve Capítulos el mundo con sus continentes y países, trata "América del Sur". Ante la pregunta ¿Cuáles son los Estados y países comprendidos en la "América del Sur"?, el catecismo responde: "Colombia, dividida en tres repúblicas que son, Nueva Granada, Venezuela y Ecuador, Bolivia, Perú, Chile, la Confederación Argentina, el Uruguay, el Paraguay, Patagonia, el Imperio del Brasil y la Guayana francesa, holandesa e inglesa".
Es decir que a mediados del siglo pasado, se enseñaba en las escuelas de la Argentina, que la Patagonia era un país diferente a la Confederación y uno más de América del Sur.
Por esta razón, cuando en el Capitulo correspondiente a la "Confederación Argentina", el catecismo pregunta: "¿Cuáles son los límites de la Confederación Argentina?", responde: "Bolivia al Norte, la República del Paraguay, el Brasil, la República Orienta, y el Océano al Este, Patagonia y el Océano Atlántico al Sur, Chile al Oeste".
Es decir que se enseñaba que el límite sur de la Argentina era la Patagonia, excluida del entonces territorio nacional.
En el Capitulo dedicado a Chile, al preguntar el Catecismo sobre sus límites, se establece que la Patagonia es la frontera sur.
Como todos los países de América del Sur, Patagonia tiene su Capitulo específico. Frente a la pregunta "¿Qué es la Patagonia?" , responde "Bajo este nombre, se entiende todo el país al Sur de la Confederación Argentina. Se llama también Tierra Magallánica porque la descubrió Magallanes en 1519; comprende Tierra del Fuego y un gran número de islas conocidas por el nombre de Cabo de Hornos".
Sobre el clima y el terreno, afirma que es "Frío, estéril, y expuesto a vientos impetuosos".
Ante la pregunta "¿Cuáles son las tribus patagónicas?" responde, en una acabada muestra de los valores culturales de la época: "Se pueden reducir a tres clases: Araucanos, Indios, Pampas y Patagones. Estos últimos son indios brutos e indolentes, forman tropas errantes como bestias; no tienen hogar ni aún chozas. Los Indios Pampas no son tan salvajes; tienen algunas tolderías permanentes, propiedades, ideas de tráfico y obedecen a caciques. Los Araucanos son sin duda la rama más noble de indios no sólo en Patagonia sino en toda América".
Otras publicaciones del siglo XIX dan muestras similares. El Compendio de Geografía Moderna, en su edición de 1875, enseña que la Patagonia es el límite sur de la Argentina, como Chile lo es al oeste, aunque ya no enseña como los anteriores, que se trata de un país diferente.
El manual "Elementos de Geografía", en su edición de 1871, usado en las escuelas de primeras letras, en su lección dedicada a la Argentina sigue enseñando que la Patagonia es el límite sur del país e instruye que es un país diferente a los demás de América del Sur.
Es recién en la edición de este manual del año 1874, que se cambia el concepto, estableciendo que el límite al Sur es "el océano Atlántico y Estrecho de Magallanes", incorporando así la Patagonia al territorio nacional en la enseñanza de geografía en las escuelas argentinas, aunque todavía se excluye a Tierra del Fuego.

La Conquista del Desierto, llave para la ocupación efectiva argentina de la Patagonia. Los indios ni fueron un problema para los modernos militares.

El hoy día prócer nacional Domingo Faustino Sarmiento en su época de exiliado en Chile en tiempos de Rosas escribió innumerables artículos periodísticos favoreciendo al país que le dio asilo político en el tema de la Patagonia. Decía que los chilenos deberían ocuparla porque ellos tenían una mentalidad costera y en esa época Chile respetaba la frontera norteña con Bolivia (que tenía salida al mar) quedándole el sur y el sudeste para desarrollar su expansión territorial. Y que la Confederación Argentina es un país geográficamente de clima templado y subtropical en su esencia creando así la mentalidad de sus habitantes de ser un país más cercano hacia el ecuador que hacia el polo sur. Para la caída de Rosas, los chilenos ya empezaban a colonizar tierras al sur de su histórico limite sureño que era el río Bio Bio.

El perito Francisco Moreno explorando el lago Nahuel Huapi

Limitada la expansión territorial argentina en todos los sentidos cardinales excepto el sur, era lógico que los políticos porteños observen la Patagonia como próximo territorio a incorporar a la República Argentina. Pero eso antes no fue siempre igual. Los hoy próceres nacionales comandante Luis Piedrabuena patrullando las costas patagónicas e izando innumerables pabellones de colores azulceleste y blanco por doquier y el perito Francisco P. Moreno (el primer blanco que descubrió el magnificente glaciar que hoy día lleva su nombre) entablando cartografía y estudiando las maravillas de la naturaleza en esa región, ambos a riesgo de perder la vida ora a causa del indio hostil , ora el inclemente clima reclamaron que Buenos Aires ocupe lo antes posible la rica comarca, cayendo sus voces en saco roto hasta que se les hizo caso y fueron justificativos de la Conquista del Desierto.

En 1880 estalló la crisis de la "Cuestión Capital". La provincia de Buenos Aires, gobernada por Carlos Tejedor (liberal autonomista, partidario de Buenos Aires Provincia), recibió buen número de armas que se desembarcaron por el Riachuelo. El presidente Avellaneda trasladó la sede del gobierno al pueblo (hoy barrio porteño) de Belgrano el 2 de junio de 1880. Tras varios combates, Tejedor fue vencido por los liberales nacionalistas (quienes eran los partidarios de Buenos Aires Capital Federal). Aprovechando la coyuntura militar, el Congreso Nacional sancionó el 21 de septiembre de 1880 una ley por la que declaraba a Buenos Aires capital federal de la República obligando a los provincianos a erigir su propia capital en una nueva ciudad. Eso se materializó el 2 de noviembre de 1882 en La Plata. Durante el mandato de Avellaneda se creó, con la construcción de los ferrocarriles, una importante fuente de trabajo para los inmigrantes. Durante los 18 años que preceden a 1880 se construyeron 2.516 Km de vías férreas.

Ya para ese entonces los antiguos federales perdieron todo vestigio de poder.