Rivadavia intentó negociar la paz con el Brasil. Envió a Manuel José García un muy poco hábil diplomático, quien, a pesar de los triunfos militares obtenidos por las Provincias Unidas, firmó un acuerdo en el que se reconocían los derechos de los brasileños sobre los territorios de la Banda Oriental. Estalló el escándalo, el acuerdo fue repudiado y rechazado y Rivadavia huérfano de hasta el entonces incondicional apoyo unitario renunció al cargo el 30 de junio de 1827. Le sucedió como presidente interino Vicente López y Planes, el autor del Himno Nacional Argentino el 5 de julio de 1827. Dicho nuevo mandatario restablece la autonomía de Buenos Aires y reinstaura la Junta de Representantes porteña que elige días después como gobernador a Manuel Dorrego, un jefe federal que había combatido bajo San Martín y era veterano de la guerra contra el Brasil. Eso no agradó al altivo y unitario Alvear quien legó el mando del Ejército Republicano en manos del oriental Lavalleja.

López y Planes renunció a su vez a la Presidencia provisoria y el Congreso General Constituyente se declaró disuelto. Los Estados provinciales recuperaron de esa manera su soberanía y el movimiento federal se fortaleció.

Facundo Quiroga, paradigma de caudillo provinciano y federal muerto en circunstancias misteriosas

Dorrego amparándose bajo la Ley Fundamental (sobre el detalle de que Buenos Aires maneja las relaciones exteriores) ordenó sostener la guerra al mismo tiempo iniciar unas conversaciones de paz llegando a feliz término el 27 de febrero de 1828 con la firma de la paz reconociendo una salida elegante para todos: la independencia de la Banda Oriental. La Argentina se adjudicó los territorios de la mitad de la actual provincia de Misiones en ese entonces en poder del Brasil otorgándolos a la provincia de Corrientes.

Eso satisfizo a los provincianos, viejos camaradas de los uruguayos quienes no pusieron ningún reparo pero encolerizó a los militares de extracción unitaria quienes no aceptaban ningún tipo de autonomía ni segregación de ningún miembro de las Provincias Unidas.

Tanto Juan Manuel de Rosas como Julián Segundo de Agüero le advirtieron claramente a Dorrego las nefastas consecuencias del Tratado Preliminar de Paz. El primero le decía al entonces gobernador: "Será tan ventajoso como usted dice el tratado celebrado con el Brasil; pero no es menos cierto que usted ha contribuido a formar una grande estancia con el nombre de Estado del Uruguay. Y esto no se lo perdonarán a usted. Quiera Dios que no sea el pato de la boda en estas cosas." Por su parte Agüero, advertía la futura suerte del gobernador Dorrego: "Nuestro hombre está perdido: él mismo se ha labrado su ruina".

Los últimos momentos de Dorrego antes de ser fusilado por Lavalle. Se dice que Dorrego habría advertido a sus asesinos que "se atengan a las consecuencias".

Ya con la paz asegurada y el país en relativa tranquilidad los federales intentaron la organización administrativa del Estado mediante la reunión de una Convención Nacional en Santa Fe. Pero el destino le guardaba un cruel golpe que afectaría por décadas al futuro del país. El susceptible general Juan Galo Lavalle, héroe indiscutido contra los brasileños regresaba al país e influido por los políticos civiles unitarios porteños prontamente derrocó a su antiguo camarada Dorrego el 1º de diciembre de 1828, lo persiguió con sus tropas y lo fusiló en Navarro en medio de la pampa un triste 13 de diciembre del mismo año sin más preámbulos que dejarle el tiempo suficiente para que el desdichado ex gobernador escriba una sentida y emotiva carta de adiós a su familia. Ese fue el peor error de Lavalle ya que años después el sucesor de Dorrego en la jefatura federal demostró ser intolerante y sanguinario. Era Juan Manuel de Rosas.

El general cordobés José María Paz, veterano de la guerra con el Brasil regresó a su terruño, se apoderó del gobierno de Córdoba al derrotar a Bustos y, tras vencer al cacique federal oriundo de La Rioja, Juan Facundo Quiroga, todo un personaje, en La Tablada el 22 de junio de 1829 y en Oncativo el 25 de febrero de 1830, formó la Liga Unitaria.

Las Provincias Unidas habían perdido su razón de ser. Había nacido de esa forma penosa, sangrienta y dividida la Confederación Argentina.